Muzeum jest instytucją mającą za cel nadrzędny gromadzenie i trwałą ochronę dóbr naturalnego i kulturowego dziedzictwa ludzkości o charakterze materialnym i niematerialnym, upowszechnianie podstawowych wartości historii, nauki i kultury. MRJ gromadzi i przechowuje zabytki w zakresie: historii, sztuki, etnografii, paleontologii, archeologii. Informuje o treściach gromadzonych zbiorów, upowszechnia podstawowe wartości historii, nauki i kultury, kształtuje wrażliwość poznawczą i estetyczną, umożliwia kontakt ze zbiorami.
Muzeum realizuje ww. cele przez:
- gromadzenie zabytków i materiałów dokumentalnych
- inwentaryzowanie, katalogowanie i naukowe opracowywanie zgromadzonych muzealiów i materiałów dokumentacyjnych,
- przechowywanie zabytków w warunkach zapewniających im właściwy stan zachowania i bezpieczeństwo oraz magazynowanie ich w sposób dostępny dla celów naukowych,
- zabezpieczenie i konserwację posiadanych muzealiów,
- urządzanie wystaw stałych, czasowych i objazdowych,
- prowadzenie działalności edukacyjnej oraz kulturalno-oświatowej (m.in. warsztaty, lekcje muzealne, prelekcje),
- zapewnienie właściwych warunków zwiedzania i korzystania ze zbiorów,
- prowadzenie działalności wydawniczej,
- prowadzenie biblioteki – księgozbioru z zakresu swojej specjalizacji i udostępnianie go pracownikom naukowym, młodzieży studiującej i nauczycielom,
- oprowadzanie zwiedzających po ekspozycjach stałych i czasowych.